Das IRS wurde 1992 als „Institut für Regionalentwicklung und Strukturplanung“ neu gegründet. Es war als Ergebnis einer positiven Evaluierung durch den Wissenschaftsrat mit veränderter Aufgabenstellung aus dem „Institut für Städtebau und Architektur“ (ISA) hervorgegangen, das der Bauakademie der DDR angehört hatte.